分子模拟软件 Tripos SYBYL-X v2.0.0.11273

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分子模拟软件 Tripos SYBYL-X v2.0.0.11273
  • 软件作者: 网络搜集
  • 软件大小: 694 MB
  • 下载次数: | 所属栏目: 生物化学软件
  • 软件语言: 英文软件
  • 需要金币: 220 金币 金币充值金币
  • 软件评级: ★★★☆☆
  • 更新时间: 2013-05-01
  • 软件授权: 破解软件
  • 插件情况:
  • 运行环境: WinXP,Win7,win8

Tripos公司的旗舰产品SYBYL是全球最先进的分子模拟和CADD研发工具,持续的产品更新功能增强,使产品适用于药物研发的各个阶段,并逐渐渗入到生命科学,环境科学,化学化工等领域。Tripos公司始终致力于为广大科研用户提供分子模拟和药物设计的全面解决方案。
    目前,Tripos公司发布了全新的SYBYL-X 2.0版本,在SYBYL-X1.3版本的基础上又增加了一些新的功能,并引入了MDE(Molecular Data Explorer)。

分子建模
SYBYL-X2.0的新亮点有:


1、在分子操作方面:点击与重原子连接的、处于隐藏状态下的氢原子时,该氢原子也会被选择,在之后的相关操作中此氢原子也会受到影响;典型的使用方案包括:查看蛋白质的结合位点并着色;删除配体或把它提取到另一个分子显示区域;单独显示配体为球棍状模型;标注特定的原子;为配体创建一个表面。


2、在数据库方面:配体数据库和生物高分子词典参考RCSB库重新生成。新的文件包含了12975个条目,极大地改进了配体中的原子和键的类型并且修改了PDB文件中不合理的氨基酸残基。


3、在使用说明方面:可以在bookshelf中找到制作好的一些介绍SYBYL工作流的视频。


4、在大规模并行计算方面:支持安装有Surflex-Dock和Surflex-Sim的 商业队列系统。  


6、新增Molecular Data Explorer(MDE) 分子数据分析工具:SYBYL-X2.0 引进了分子数 据分析工具,它可以用来分析数据集、计算并且以图形表示分子性质,此外它还引入了一个重新设计的菜单栏和一个新的工具栏。分子数据分析工具包含了同步浏览器,主要内容有:一个与SYBYL主窗口显示功能类似的3D显示器,可以浏览小分子的结构和叠合构象以及显示UNITY提问结构、配体或者相关的蛋白质活性口袋;2D结构的网络视图;右键点击自定义绘图机制,包括:散点图、柱形统计图和结构相似地图等。

 

图1、Molecular Data Explorer(MDE) 分子数据分析工具,增加了一个工具栏,二维结构显示列,工具栏中包含3D显示器、网格显示器、散点图按钮、柱状图按钮、过滤器等全新的功能。


7、更新过的MDE具体包含的功能有:通过整合各种格式的公开数据集和文件导入数据以及化合物信息;一次性的计算出多个属性;定义并应用筛选规则;打印任何一个视图或保存它的图像;重新打开保存好的MDE并加载各种组件。

 

图2、分子表单以及与之相关联的图像性质显示窗口,点击表单中任意一行,就可以在下面的数据图中高亮显示与之对应的点,结构或者柱状图等,反之亦然。

 

图3、点击工具栏上的计算器按钮,可以用来计算化合物的各种性质和分子描述符。

 

图4、整合并支持各种格式的数据,例如结构文件的SDF格式、数据格式的CSV格式,结合之后可以输出整合好的SDF文件。

 

图5、过滤器功能,用户可以自定义相应性质的数据范围,从而达到筛选数据的目的。
 

 


图6、新增打印功能,用户通过点击打印机按钮直接打印数据,分享科研成果。


8、更新了QSAR任务管理器:CoMSIA和EVA 方法已经加入到了性质列表中,用于计算化合物的相关描述符并创建模型。
 

执行其他相关的生命科学实验,如蛋白质结构建模,SYBYL-X解决方案将你的发现研究向前。 随着能力的小分子建模和仿真,大分子建模和模拟,化学信息学,鉴定Ledd,Ledd优化,都包裹在一个易于使用,成本效益的接口,SYBYL-X的工具和功能,你所需要的分子设计。

此外,科学SYBYL-X提供提供独特的,有竞争力的优势,在为今天的成功探索研究了一些重要的领域:
3D-QSAR:使用业界领先的一种新的方式来产生新的想法,R基团的CoMFA的力量-预测水平的生物活性或效力结构活动数据的基础上,不只是有/没有活动预测
基于配体的虚拟筛选的化合物过夜-寻找百万,千万不要错过安打,因为你只筛选你的数据库的子集部分
化学信息:生产高度集中的查询,避免误报,使用一套丰富的3D查询;上飞的构象搜索意味着你只存储一个单一的分子构象,保持数据库大小的小,非常的运输
对接:定制和微调对接使用像特区的信息到特定的受体部位,或称为对提高配体排序

小分子建模与仿真
SYBYL-X提供了关键的小分子建模和仿真,包括构效关系建模,药效产生假设,分子排列,构象搜索,ADME预测多的能力。

高分子建模与仿真
SYBYL-X提供了关键大分子建模与仿真,同源建模,序列比对,需要了解和模拟的静态和动态的蛋白质和其他生物大分子的三维结构性能和其他关键任务的能力。

化学信息学
SYBYL-X使用户能够从今天的研究方法所产生的数据量提取有意义的信息。 SYBYL-X核心科学和综合应用,以解决关键任务,如数据挖掘和结构表示,用户可以方便地探索化学和生物药物发现计划的成功是关键的数据。

Ledd鉴定
SYBYL-X使研究人员能够执行关键任务,如发现Ledd命中和扩建Ledd,Ledd和骨架迁越,和虚拟筛选,以及考虑重要的分子特征,或在发现过程中的早期预测ADME和物理性能。 构效关系建模,产生药效假说,分子排列,主要基于配体的设计任务,如包含在SYBYL-X,以及基于结构的虚拟筛选,以找出有前途的领先候选人与利益受体。

先导化合物的优化
使用SYBYL-X,研究人员可以开发基于配体和/或结构为基础的模型,解决多个标准,必须考虑优化Ledd。 用户可以预测他的生物活性或效力基于结构 - 活性数据,轻松的模型多个生物端点,理解和理顺药物的相互作用及其受体识别潜在的新的具有约束力的相互作用,将提供“一步跳”的效力的水平,并远以上。


 

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